
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于免疫抗体种类特异形、寡核苷酸掩盖投入比较高或操作方法步骤复杂的。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯讲解公司在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低价格、跨动物群、全手机平台兼容的全新解决方案。
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Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由国内 小学科学学有效院基因与发育成熟菌物学学习所和国内 基因掌握承办的新国际学术性界论文论文期刊论文论文,强院于新闻报道生命是什么小学科学学有效和药学基因学科技行业的创作性学习成就。JGG 202多年度的影响细胞7.1,Scopus学术性界论文论文期刊论文论文评判指数公式CiteScore 9.9,位居JCR 202多年度GENETICS & HEREDITY科技行业Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY科技行业Q1区,位居国内 小学科学学有效院论文论文期刊论文论文区分菌物学大类目1区(Top论文论文期刊论文论文),基因学和生化学与团伙菌物学小类双1区。BIOPROFILE
哪个是HEATag
巧设的“二合并”设汁
HEATag是由凝集素和HUH内切酶分为的容合淀粉酶
「分析器」功能 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化修饰语(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「链接器」信息模块 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)目录长条码做共价联系。
“1+1>2”的郊果:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样表标签与朔源。
Fig1: HEATag多大箭头方式示图图
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实际战斗抽样检查
HEATag到最后有点能打?
需要在不同的水平下,变现哺乳期间猎物体体细胞系单体体细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。科学研究团队协作为 HEATag 设施了多轮 “学习压力测评”,从神经元核系到神经元核核,从常温的到较低温度,从新鲜子子样本到比较固定子子样本,全多方面查证它的稳定耐用性和耐用性。
一号轮测试方法共性辅乳期绿色血组织核系:设计人员管理选定了是来自于人、鼠、仓鼠6个鱼类的四大血组织核(HEK293T、K562、MEF、CHO),在环境温度使用 HEATag 记号后混合法测序。然后回收处理的 11447 个血组织核中,85.66% 都能根据 HEATag 长商品条状码最准确匹配好到原鱼类,样本量间交差严重污染不多,UMAP 聚类进行分析进行分析更要同时证件,HEATag 长商品条状码与鱼类特情人基因遗传组显著特点极度同一。 立刻,软件测试的先决条件进1步升极:的研究人士选择在 4℃下图标最新松茸肿瘤血血肿瘤细胞膜、在空调温度下图标甲醇一定肿瘤血血肿瘤细胞膜,有的直观图标肿瘤血血肿瘤细胞膜核。没想到我还鲜亮:所有的的先决条件下,子范例标签纸与植物物种问题均还具有较好的涉及到的性,转换合理率超 95%。殊不知甲醇一定会从而导致重度的转录本交叉重合破坏,肿瘤血血肿瘤细胞膜核制法就有大量 RNA 离职,肿瘤血血肿瘤细胞膜类型的的引用没想到我还与最新松茸子范例做到一样,说明 HEATag 不错图标差异治理 的先决条件下的试验子范例。
Fig2: HEATag 可在各种不同经济条件下达成单生殖细胞转录组混样分折
会标签乳期家禽和海洋能无脊梁骨家禽的原代细胞核
若果说受损细胞膜系测试方法是 “基础性题”,那安排样板那就是 “额外添加题”, 那些样板经常因受损细胞膜型号比较复杂、氛围认知性个性化,将成为图标技巧的 “瓶颈问题”,而 HEATag 正好在那些 “瓶颈问题” 上展现什么了优缺点。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸组建,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞仅仅能被明确辩别,其他通常受损细胞内型的聚类分析的结果都明了可辨。
更令人惊喜的是HEATag对海上生物技术的适应性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 长条码与动物群转录组具备有较高不一性,还没有显现因高盐区域环境引起的 “记号生效”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可达成喂奶甲壳动物公司模本诸多 scRNA-seq 介绍
Fig4: HEATag可建立剥好浮游生物无脊椎骨家禽强有力的加密管控 scRNA-seq 阐述
HEATag与体细胞的联系不懂诱发转录组的偏态改善
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在顺利完成标示钓鱼任务的同样,不是对之后的的转录酚类化合物析从而造成干扰信号,以确保了的研究信息的完美性。
Fig5: HEATag不能影晌模板的 RNA 抒发策略
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以后可期
HEATag 能为单组织探讨获得有什么?
HEATag 的价格,远不是只有于 “缓解标签毛病”,它的迟钝性和普遍意义,已经为单上皮细胞深入分析拉开多已经性
从用场景中来说
HEATag 能重叠从 “简简单单相对比较定性分析”(如癌团体与日常团体、类药物补救与比较)到 “大总量研发分析”(如团体神经神经元图谱制作、高通骁龙量建立)的全比率需求分析。随 PIP-seq、Stereo-cell 等创新型可延伸工艺的快速发展,HEATag 还能进步骤上升单神经神经元研发分析的通量,助推研究团队合作开展业务大些总量的項目。从跨行业领域能力看到
HEATag 不只是适用以于转录组学,还能与表观染色体组学、淀粉酶质组学、个人空间组学等系统结合起来,采用私人定制指数和寡核苷酸队列,HEATag 能能简单融进有所不同的组学流程步骤,不损害移动信号获取深层次。此外,基本概念HEATag还能能转型单神经元糖组学探究系统。BIOPROFILE
配合最新
拜谱生物技术与陈凯院士取得教学过程的合作需求
值当的关注的是,在 HEATag 系统水平性体流露出出庞大选用有潜力的背景图案下,拜谱动物已与华南地区浅海完美与水利工程全国做工作室(香港)陈凯讲解已达成系统化媒体合作需求。交易双方彼此计划表包围 HEATag 系统水平性的品牌化出台、科技转换等位置进行深浅警税,持续推进这类低投资成本、跨动物群的单上皮生殖细胞核标上系统水平性更加迅速选用于现场科技动画场景,为更加做工作室保证高效益、划算的单上皮生殖细胞核深入分析产品,转向科技做工笔者在上皮生殖细胞核动物学、浅海动物学、病症新机制等的领域授予更加超出