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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设计最应见的肠腔疾病之首。肾组织化中CaOx结晶过饱满沉积状会致使肾小管细胞系问题和凋亡,然而致使肾结石的达成。短链蛋白质酸由肠腔内生物滤池病菌厌氧发酵合理膳食弹性纤维生产,不仅能在部分肠腔防线中产生角色,同时还在设计含量上也产生最为关键的角色。里面,丁酸是最多样的短链蛋白质酸,兼具抗感染和免疫抗体抑止角色,本论述试论丁酸对CaOx肾结石的角色简述暗藏靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院专家泌尿五官科吴忠客座教授、周子健博土于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教导、周子健搏士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了wifi网络临床药理学服务管理,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

软文名字:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 消费者的单位:华山医生 分析的对象:大鼠、HK-2上皮细胞 分组进行数据信息:對照组(Con)、对模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱作为新技术:微信网络药理学学检则

一个构想步骤流程表

科学研究报告单

调查方案相关人员前提是实现大鼠模式化,顺利通过生理特点血生化指数和集体病理学学固色等调查方案伎俩察觉到丁酸可以减小CaOx模式化大鼠肾CaOx硫化锌的造成和伤到,缓和CaOx模式化大鼠的真菌感染伤到和脱色物的过度的体现。显然,丁酸还可治理和改善草酸引发的HK-2神经癌细胞伤到、脱色应激性和神经癌细胞凋亡。 为探求丁酸结构的的和靶染色体组遗传网咯,探讨成员从PubChem提高丁酸和丁酸酯的二维和3D结构的的(图1A)。按照PharmMapper参数统计表格库和Uniprot参数统计表格库办理后共挑选出11九个丁酸靶染色体组遗传供进几步探讨。将染色体组遗传目录加入STRING参数统计表格库,做出PPI网咯探讨。Cytoscape已给出了排列的前20的交通交通核心区站靶染色体组遗传的详细概述网咯图,也包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。等等交通交通核心区站染色体组遗传与网咯中的各种染色体组遗传均体现出相应的一些性,说明书怎么写等等染色体组遗传可以树立着协作能力。GO和KEGG探讨呈现了丁酸交通交通核心区站染色体组遗传的一些途经和海洋物理学特点(图1C)。交通交通核心区站染色体组遗传重点与类固醇性生长激素对答、硫化应激性的作用对答、催化催化活性氧人体细胞对类固醇性生长激素激刺的的作用已经对咸性有机化学杂质的的作用有关的。综上所说所说,等等交通交通核心区站染色体组遗传重点陆续参与了硫化应激性的作用和对催化催化活性氧的海洋生物技术的作用的时候,是肾结石组成共识机制中至关更首要的途经,这呈现丁酸可以在肾结石中树立更首要能力。

图1| 丁酸结构设计与靶dna系统数据分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一歩科学探索丁酸对CaOx肾结石真是切靶人类dna,科学研发探讨探讨人再生利用GEO的数据信息库系统对GSE73680中营养對照与CaOx肾结石提高的人类dna文化差异使用了科学研发探讨探讨。對照组与CaOx结石提高的差异性性文化差异表述人类dna(DEGs)肿瘤筛查规格为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个人类dna发生差异性不同,表中3379个(89.4%)人类dna表述上涨,404个(10.6%)人类dna表述下降(图2A)。对DEGs使用聚类算法探讨法探讨,热图提示 了前10个被选中DEGs的二维分段聚类算法探讨法基本特征(图2B)。最后,科学研发探讨探讨人能够 GeneCards的数据信息库系统人工客服电话鉴别了370个应该与CaOx肾结石相应的的人类dna,名次前20位的分析预测人类dna名词解释相应的性评价如同2C右图。想要选择丁酸方法CaOx肾结石的关键所在靶点,科学研发探讨探讨人将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应的人类dna处里赢得了一大个Venn图。终究,CYP2C9被断定为丁酸直接影响CaOx肾结石的不确定性靶点(图2D)。前者,科学研发探讨探讨人还使用了丁酸与CYP2C9的碳原子挂接,CYP2C9的五个氨基酸等残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸上下级影响,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在再生利用无线网络临床药理学预测分析CYP2C9是丁酸决定CaOx肾结石的靶基因遗传后,探析职工还采用上皮血细胞实验室证明了CYP2C9可调低草酸成脂的HK-2上皮血细胞的ROS层次、细菌感染挤压伤和凋亡。

图2| 基本上据库联合技术阐述估计CYP2C9是丁酸目的于CaOx肾结石的靶基因组

理论研究后果

本调查关键在于出现 丁酸在身体之外和自身均能可以减缓CaOx肾结石3d模型的硫化应激状态状态和细菌感染受损,自后实现微信网药剂学学筛分取到丁酸的影响CaOx肾结石的内在靶点——CYP2C9,最好实现人体组织细胞实验性印证CYP2C9在草酸盐引诱的HK-2人体组织细胞ROS平行、细菌感染受损和凋亡。以上出现 取决于丁酸可能性实现可以减缓CYP2C9来可以减缓CaOx肾结石的硫化应激状态状态,调低细菌感染受损。该时中拜谱生态学制品给出了微信网药剂学学技艺工艺精准功能,除此以外拜谱生态学制品可从而提高稳定全面的基因组组学、蛋白酶质组学、产生组学等多个学新产品及技艺工艺精准功能,欢迎会打电话咨询了解。! 决定性文献综述:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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