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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出宽泛的生物学催化活性，涉及到抗癌肿和身体毒的作用。一般，三萜是顺利通过甲羟戊酸方法合出的，并从纯天然树种和病菌中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计小论文。该设计会发现三萜类类化合物野生虫草酸（GA）是按照液态的培养的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物有效的转化引起的。进行转录组和淀粉酶质组学技木逐步一个脚印挑战无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT引起两种方式野生野生灵芝酸（GA）的机制化，并选择多个学技木论文检测到的的不同dna和的不同淀粉酶，推算DHT 菌物制成 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能键分类管理

能够对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体做转录组测序共能够67230个转录本和1429八个单什么是表观遗传。在以上单什么是表观遗传中，495个被判定为距离表述什么是表观遗传（DEGs），之中213个表述调涨，279个表述下跌（图1A）。GO丰度剖析后，DEGs氛围海洋生物具体步骤（BP）、癌组织细胞组成（CC）和原子核用途（MF）3类。在BP类中，会出现了前几个子类：四环素可分解排泄具体步骤，乙酸盐排泄具体步骤和甲酸盐排泄具体步骤;而在CC类中，癌组织细胞外区、突触结合体、突触设备构造是前几个亚类。对待MF类，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、钝化恢复备份酶活力性和酸氨（或酰胺）连接方式酶活力性是前几个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG通道剖析中，前30条丰度度最大的通道中含27条隶属于排泄，之中甲烷气体排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄卫星信号通道偏态丰度（图1D）。

图1|转录成分析和职能类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄虫草细菌菌丝体采取血清质组学定性探讨，总计有敲定了16,457种独一无二肽、2606种血清质和2588种降钙素原检测血清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立的条件下，这里2606种血清质中，94种被认定为不一致性表示方式血清（DEPs），在在这其中52种调涨，42种下降（图2A），图2C屏幕上体现了不一致性表示方式血清的聚类探讨定性探讨热图。从GO定性探讨了解，BP类屏幕上体现，大部分数DEPs参予乙酸盐新陈新陈基础消化吸收方式、抗菌药吸附新陈新陈基础消化吸收方式和中药吸附新陈新陈基础消化吸收方式。CC类DEPs在受损体组织细胞核外区、过阳极非金属空气氧化物酶体和微体中总额是最低的，阳极空气氧化重置酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的正比是最低的（图2B）。与转录组效果是类似的，KEGG径路定性探讨屏幕上体现，很多的DEPs在新陈新陈基础消化吸收中聚集，在在这其中3条最聚集的经由是光合生物制品工程中的碳固定不变、碳新陈新陈基础消化吸收和MAPK表现径路（图2D）。除此以外，能够定性探讨GO信息库的CC对DEPs采取亚受损体组织细胞核精确定位定性探讨和标注（图2E），DEPs最注意规划在受损体组织细胞核质（40.66%）、受损体组织细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs生物制品工程结合的最注意地段。

图2|核脂肪酸组的降钙素原检测讲解和模块证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物转变和对比组待选DEGs和DEPs设计了维恩图，有20个不同表答表观遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组分为的DEGs/DEPs通过聚类剖析剖析，发觉mRNA和血清质中间有18个上涨表观遗传和8个变动表观遗传，DEGs和他英译的DEPs表答能力呈正涉及，由于Pearson的涉及常数剖析，在转录组和血清质组中间检则到比较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测报告单现示，E组和C组17个DEGs的表现方式横向一定的差异更为明显，各举9个为调涨DEGs，6个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现方式趋势英文与转录酚类化合物析报告单高度。

图3|核营养素组的化学发光法介绍和能力查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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