在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究方案最终

1、从光敏的培养肿瘤细胞中取出DNA化学交联淀粉酶质

要想转移光交连核氨基酸-DNA结合物代替LC-MS深入具体分析，小说作者建设打了个种转化纯化措施，可从DNA中去否则交连核氨基酸，仅在直晒时采用可以直接人类基因组交往含有DNA交连核氨基酸。用TRIZOL生成固色质并避开被抓获的非交连核蛋清，以后将其如何溶于以进行RNase消化系统不良。采用超声心动图切面所得税率核氨基酸交连DNA的生成物，在硫氰酸胍中煮开转化，并在二氧化物硅离心分离柱上猛烈洗滌以去否则交连核氨基酸以至完成任务。采用核酸酶加工从DNA中宣泄光交连核蛋清，齐头并进行胰核蛋清酶消化系统不良代替LC-MS深入具体分析。该形式重命名为核氨基酸交连DNA生成或XDNAX。

图1.核脂肪酸热塑DNA取出或XDNAX方案图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可可以接处DNA的高蛋白质图谱

将光交连方案应用软件于MCF7结构癌细胞，察觉了1,805种备选蛋清质，在当中1,191种存在着于3个或其他次重覆中。60%的DNA彼此功效组有带核酸构建的GO注解，在缺少核酸构建注解的蛋清质质中，最多的业绩发源核纤层蛋清质，二是直接参与染料质结构和结构癌细胞分列的蛋清质质（图2）。

图2 . 可马上遇到 DNA 的核氨基酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结出了DNA互相使用组所潜在的血清质-DNA接口还有包涵的核苷酸化学交联肽。这涉及随着（1）球状DNA组合架构域、（2）DNA 组合无章区（IDR）和（3）随着与某个血清质（举例子组血清组合血清）、RNA（举例子剪接要素）或相剥离 区室（举例子核仁血清）互相使用而从而导致的氛围非常接近。

图3 . 可可以沾染 DNA的的结构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值人体细胞扰动过程中与DNA结合实际的转录指数公式

雌刺女性激素类感觉α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，等到遭遇其配体，解锁易位到上皮上皮细胞核结构，在哪儿它与表观遗传组中的指定板块通过以成功激活指定的转录软件程序。将血清饥饿的MCF7上皮上皮细胞核外露于高标准容量雌刺女性激素类（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟系统处里的更上皮上皮细胞核更她们的DNA完美效果组（图4A）。至少，雌刺女性激素类刺击后DNA完美效果组中的ESR1增多了30倍（图4B）。另一方面就，在1,814个一定量的营养物质质-DNA完美效果中，约有9%呈现出多于2倍的偏态转变 ，并观查到与ESR1更具完美效果的营养物质如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌肾上腺素处里乳腺癌癌症系 DNA 相互之间反应组的定量分析很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

实验分析开启表观遗传组的核高淀粉酶以分析它是怎样被显示并付诸实行的，一直以来是科研工作人员管理一种经常性的追求梦想。表观遗传组可及性一般以DNA为中心点的弧度实施实验分析，尽管，到现有截止，染色剂质妇科凝胶中的哪方面核高淀粉酶与DNA 表明物理学上下级功用尚不清析。实用零高度光热塑，可表明DNA上下级功用组中的基本数核高淀粉酶，XDNAX技巧将做为核高淀粉酶-DNA上下级功用实验分析的強大专用工具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的胆固醇质组学、掩盖组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

符合文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.